Les combats seront très semblables à ceux de CtP. Vous pouvez organiser vos unités en armées (dont le nombre varie en fonction des villes que vous possédez), et les bouger en une seule fois. En attaque, c'est l'unité avec la meilleure attaque qui commence le combat, même système pour la défense.
Une unité défendante laissera la place à l'unité ayant la plus forte défense quand celle-ci a subit trop de dommages.
Il y a 2 façons de créer une armée :
<ul><li>la première consiste à rechercher la tech Nationalisme qui permet de le faire (elle permet aussi de placer sa civilisation en 3 niveaux d'alerte : paix (coût des unités et bâtiments militaires X2), normal, mobilisée (coût des unités /2, coût des bâtiments civils X2))</li> <li>la seconde après avoir obtenu une unité de grand leader, que l'on obtient parfois quand on gagne une bataille et qu'une unité passe au statut de vétéran.</li></ul>
Quand on gagne un leader, il faut le ramener en touté sécurité dans la vilel la plus proche, et là vous pouvez soit créer une armée (un certains nombre d'unités seront rattachées au leader), soit créer une Académie militaire (produit des armées), soit accélérer la construction d'un bâtiment dans votre civilisation. En ce qui concerne les ZOC (zones de contrôle), seules les unités à fort taux de déplacement en bénéficie (comme les tanks) pour simuler la capacité de défense sur une large zone d'une unité et empêcher ainsi aux autres unités d'accéder à une zone.

Certains bâtiments réagissent aux intrusions ennemies, comme les forteresses côtières qui tirent sur tous navires ennemis à leurs portées.
De la même manière, certaines unités peuvent bombarder à distance (artillerie, catapulte, unités navales,...) A la différence de Civ2, la guerre nucléaire n'est plus un aboutissement inévitable de l'évolution des différentes civilisations, dans un premier temps, seule la civilisation qui découvre ces armes la première peut espèrer en profiter, avant que les autres n'en fassent aussi la découverte. Une fois que toutes les civs ont fait cette découverte, il devient très dangereux d'utiliser ces armes (qui se déclinent en ICBM et Missiles Tactiques) En ce qui concerne les barbares, Civ3 ne les génère plus aléatoirement comme le faisait son prédécesseur, mais les barbares disposent de "villages" et de "villes" à partir desquels ils lancent leurs raids. Si vous détruisez une implantation barbare, elle se fixera automatiquement ailleurs, dans un endroit couvert par le brouillard de guerre.