C'est là encore un des éléments les plus interessants du jeu, avec la culture. Chaque ville, chaque unité appartient à une nation. Toutes les unités que vous créez auront la nationnalité de votre civilisation.
A l'inverse de civ2, une cité capturée ne vous est pas de suite loyal, mais ses habitants restent loyals à leur ancienne patrie (à leur nationnalité d'origine).
Une cité qui ne vous est pas loyal voit sa production, sa défense, et une bonne partie de ses statistiques baisser, ce qui peut être dangereux en cas de guerre. Parfois la notion de culture n'est pas suffisante pour pouvoir prévenir les révoltes dues à la nationnalité.