Shinichi est le détective lycéen, le meilleur atout de la police japonnaise ccomme disent les journaux, bref c'est un détective de génie qui résout toutes genres d'enquêtes.
Mais, un jour, il surprends des hommes en noir, et ceux ci l'attrapent et lui font boire un poison qui lui redonne son physique de gamin de 6 ans. Il se réfugie alors chez sa petite amie Ran qui a un père détective justement. Le problème, il ne peut pas avouer sa véritable identité par peur de représailles (les hommes en noir croient l'avoir tué), et se fait appeler Conan. Il va alors résoudre les enquêtes du père de Ran avec tout un tas de gadgets fournis par le professeurs Agasa, un savant loufoque qui est le seul au courant de sa véritable identité.